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消毒柜常見的消毒方式有：遠紅外線高溫消毒，臭氧殺菌，紫外線殺毒。
高溫消毒柜：
高溫消毒一般采用加熱至120℃左右，保持10~15min，使包括細菌、病毒在內的微生物機體蛋白質組織變性而達到殺滅細菌、病毒的目的。加熱方式一般是采用遠紅外線方式。高溫消毒效果比較好，能殺滅一般的細菌和病毒（包括乙肝病毒），殺滅率≥99%。但對無機化學毒物及少數特殊的生物病毒就不起作用了。其缺點也是致命的，功率偏大；容易導致溫度不均勻；溫度高易使腔體及加熱物體損壞和變形。
紫外線消毒柜：
紫外線燈管在工作時會產生兩種不同的光，一種為可見光，即我們看到的藍光，另一種為眼無法看到的不可見光，主要是指兩種波長不同的射線。一種為波長253.7納米(nm)，它可殺毒，但不產生臭氧，另一種為波長184.9納米，能激活空氣中的氧氣轉化為臭氧產生臭氧。利用紫外線在低壓汞蒸汽放電時輻射出這兩種射線直接照射到物體上，引起病毒細胞裂變和內部組織變化，導致病毒死亡，從而達到消毒保潔的目的。但是紫外線消毒的穿透性差，只能對物品表面消毒，只能直線傳播，對照射不到的區域不能消毒。
國家標準明確規定，僅靠紫外線消毒的消毒柜不適合于食具消毒。因此，多數消毒柜采用臭氧+紫外線雙重消毒。